Punkkien levittämistä taudeista yleisin on borrelioosi. On hyvä muistaa, että TBE-rokote ei anna suojaa borrelioosia vastaan. TBE-rokote ei myöskään estä punkkia tarttumasta ihoon. Se ei siis anna suojaa punkkeja vastaan. Vaikka sekä puutiaisaivotulehdus että borrelioosi molemmat tarttuvat punkin puremasta, TBE on virustauti ja borrelioosi bakteeriperäinen. Borrelioosissa bakteerien leviäminen pystytään yleensä estämään antibiooteilla, mutta TBE-virukseen ei ole hoitoa. Toisin kuin borrelioosi, TBE on ennaltaehkäistävissä rokotteella. TBE-rokoteperussarjaan kuuluu kolme rokotusta. Toinen annos annetaan 1–3 kuukautta ensimmäisen jälkeen. Kolmas annos annetaan 9–12 kuukauden kuluttua toisesta annoksesta. Täysi rokotesuoja saavutetaan kahden viikon kuluttua toisesta pistoksesta.